Abendländische Handschriften

Handschriften gehörten bereits zum Gründungsbestand. Der erste Bibliothekar der neu eröffneten Bibliothek war Johann Raue (1610-1679), Professor am Joachimsthalschen Gymnasium in Berlin und Schulinspektor der Mark Brandenburg. Er verfasste 1668 den ersten "Catalogus Manuscriptorum", worin die Handschriften in der Reihenfolge ihrer Aufstellung ("Repositorien") beschrieben wurden. Unter dem Oberbibliothekar Friedrich Wilken (1777-1840) erfolgte eine Neuordnung des Handschriftenbestandes und die Einteilung in Literatur- und Sprachgruppen, später auch in Provenienzgruppen, sowie die den Gruppen entsprechende Signaturenvergabe (z.B. Ms. boruss., Ms. germ., Ms. lat., Ms. Phill.).
Orientalische Handschriften und Musikhandschriften gehören nicht zum Sammlungsbestand der Handschriftenabteilung. Sie werden von der 1918 gegründeten Orientabteilung und der 1825 gegründeten Musikabteilung betreut.