Im zweiten Bauabschnitt wurde der südliche Teil des größten Gebäudekomplexes im historischen Zentrum Berlins denkmalschutzgerecht und - soweit wie möglich - nach dem originalen Vorbild wieder hergestellt und modernisiert. Die Bibliothek gewann sechs weitere Lesesäle für die Benutzung der Sondersammlungen, repräsentative Eingangsbereiche und Treppenhäuser, ausgedehnte Magazine, umfangreiche Büroräume und andere Flächen zurück.

Ausführliche Informationen zum Haus Unter den Linden in einem pdf-Datenblatt

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Im Jahr 2000 war der europaweite Architekturwettbewerb zur Generalinstandsetzung und Ergänzung des Hauses Unter den Linden entschieden worden, seither traf das Büro hg merz architekten alle nötigen Vorbereitungen für diese gewaltige Aufgabe. Unter anderem musste der Baugrund im Zentrum der Bibliothek - dort wo einst der Kuppellesesaal stand - mit großem Aufwand vorbereitet werden: Die Magazintürme wurden wieder abgerissen sowie ab einer Tiefe von 13 Metern die Gründungssohle eingebracht.

Der erste Bauabschnitt begann im Jahr 2005, in diesem wurden mehrere Neubauten errichtet:

• der zentrale Allgemeine Lesesaal mit angrenzendem Freihandmagazin,
• der Rara-Lesesaal,
• Tresormagazine.

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Seit dem Jahr 1914 hat die Bibliothek ihren Sitz im Haus Unter den Linden 8.

Die wichtigsten Ereignisse des 20. Jahrhunderts hatten stets auch unmittelbare Auswirkungen auf das Gebäude:

• 1914 Eröffnung durch Kaiser Wilhelm II.,
• während des Zweiten Weltkrieges wurde das Gebäude mehrfach von Bomben getroffen, dabei ereigneten sich umfangreiche Beschädigungen und Zerstörungen, u. a. wurde der zentral gelegene Kuppellesesaal so getroffen, dass er nicht mehr benutzbar war,
• ab 1946 notdürftige Herrichtung der äußeren Bereiche des Gebäudes für die Wiederaufnahme des Bibliotheksbetriebs,
• 1978 Sprengung der Reste des Kuppellesesaals,
• 1987 Inbetriebnahme von vier Magazintürmen an der Stelle des einstigen Kuppellesesaals,
• nach der Wiedervereinigung: erste Sicherungsmaßnahmen am stark gefährdeten Gebäude, unter anderem fand ab 1995 der komplette Austausch der hölzernen Gründungspfähle gegen Stahlbeton-Pfähle statt,
• 2000: Ausschreibung des europaweiten Architekturwettbewerbs zur Generalinstandsetzung und Ergänzung des Gebäudes, u. a. zur Gewinnung von Tresormagazinen sowie einen neuen, zentral gelegenen Allgemeinen Lesesaal. 

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Mit der Teilung Deutschlands wurde es notwendig, für die Aufbewahrung und Benutzung des in den westlichen Besatzungszonen befindlichen Teils des Bestandes der Bibliothek ein Gebäude zu errichten. Das von Hans Scharoun entworfene Bibliotheksgebäude wurde an der Potsdamer Straße 33 als Teil des Kulturforums errichtet und ist dort seit 1978 in Betrieb.

Im Jahr 2019 wurde ein europaweiter Ideenwettbewerb zur Generalsanierung und funktionalen Anpassungen - diese im Rahmen des Denkmalschutzes - ausgelobt, das Büro gmp architekten setzte sich dabei als Erster Preisträger durch.

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Im Jahr 2014 konnte die Bibliothek im Stadtteil Friedrichshagen ein geräumiges Speichermagazin in Betrieb nehmen.

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Von ihrer Gründung bis zum Umzug in das heutige Stammhaus der Bibliothek hatte sie zwei andere Standorte: Im Berliner Schloss und am Opernplatz.

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