Zum Schutz vor den zunehmenden alliierten Luftangriffen auf Berlin und andere Städte wurden ab 1941 zunächst die herausragenden Sondersammlungen, später dann fast alle Bestände der damaligen Preußischen Staatsbibliothek an insgesamt rund 30 Orte im gesamten damaligen Reichsgebiet ausgelagert.

Die Spitzenstücke der Musikabteilung (Autographen und Notendrucke bis 1700) wurden im wesentlichen auf vier Auslagerungsorte verteilt: Kloster Banz in Franken, Kloster Beuron im oberen Donautal, Schloss Altmarrin in Pommern (Anfang 1945 nach Schönebeck an der Elbe gebracht) und Schloss Fürstenstein in Schlesien (1944 ins nahe Kloster Grüssau umgelagert). Daneben kamen Bestände der Musikabteilung auch in weitere Depots in Hessen, Sachsen, Schlesien, Pommern sowie ins Berliner Umland.

Die nach Fürstenstein/Grüssau ausgelagerten Bestände gelangten nach 1945 in die Biblioteka Jagiellońska in Krakau (Polen). Sie sind dort seit Ende der 1970er Jahre für die Wissenschaft zugänglich. Über die Rückführung dieser Bestände aus Krakau nach Berlin wird auf Regierungsebene seit 1991 verhandelt.
Ein großer Teil der einst ausgelagerten Bestände der Musikabteilung befindet sich heute wieder in der Staatsbibliothek zu Berlin.
Einige andere Depots wurden hingegen in den letzten Kriegsmonaten zerstört oder die dorthin verlagerten Beständen gelten heute als verschollen.

Besonders von Kriegsverlagerungen und -verlusten betroffen sind folgende Signatur- bzw. Bestandsgruppen:

• Mus.ms.autogr. (Musikautographe): rund 270 Bände derzeit in Krakau
• Mus.ms. 29.000ff. (Aufführungsmaterialien von Opern): zum ganz überwiegenden Teil verschollen
• Mus.ms. 40.000ff. (Sammelhandschriften des 15.-19. Jh.): ca. 150 Bände derzeit in Krakau
• Mus. Mb / Mus. Mb O. (kompositorischer Nachlass und Notenbibliothek Giacomo Meyerbeer): größtenteils vernichtet (Liste der vorhandenen Signaturen Mus. Mb ; Liste der vorhandenen Signaturen Mus. Mb O.)
• Mus.ms.autogr. K. Loewe (Nachlass Carl Loewe): ungefähr die Hälfte vernichtet, die andere Hälfte derzeit in Krakau
• Mus.ant.pract. (Musikdrucke bis 1700): zum ganz überwiegenden Teil derzeit in Krakau (vgl. Patalas, Aleksandra: Catalogue of early music prints from the collections of the former Preußische Staatsbibliothek in Berlin, kept at the Jagiellonian Library in Cracow = Katalog starodruków muzycznych ze zbiorów byłej Pruskiej Biblioteki Państwowej w Berlinie, przechowywanych w Bibliotece Jagiellońskiej w Krakowie, Kraków 1999.)
• Mus. / Mus. O. (Musikdrucke ab 1701): zum überwiegenden Teil verschollen (Liste der vorhandenen Signaturen Mus. ; Liste der vorhandenen Signaturen Mus. O.) (NB: die Signaturenreihe DMS / DMS O., die ebenfalls Musikdrucke nach 1701 betrifft, weist nur relativ geringfügige Kriegsverluste auf)
• Mus. B. (Musikzeitschriften): ca. 450 Zeitschriftenreihen verschollen

Ebenfalls erhebliche Kriegsverluste weist die Signaturengruppe KHM / KHMM (Hausbibliothek Musik der ehemaligen preußischen Könige) auf, von der heute ungefähr die Hälfte in der Staatsbibliothek zu Berlin vorhanden ist, während weitere Bände in verschiedenen russischen Bibliotheken nachzuweisen oder verschollen sind.