Anlässlich der Schenkung des Familien-Nachlasses verpflichtete sich die Bibliothek zur Aufarbeitung des reichen Bestandes; 1986 erschienen ein Katalog der Autographen und eine Edition der Briefe Webers an seine Braut Caroline Brandt, daneben präsentierte eine große Ausstellung die Sammlung. Die einzigartige Konzentration von Quellen führte bereits 1988 zu Überlegungen bezüglich einer neuen Gesamtausgabe (die erste Weber-GA war 1939 nach dem dritten Band nicht weitergeführt worden). Als Standorte des im Wesentlichen deutsch-deutschen Projekts wurden in Berlin (Ost) die Musikabteilung der Staatsbibliothek und in Detmold das Musikwissenschaftliche Seminar vorgesehen. Unter veränderten politischen Vorzeichen gelang schließlich die Umsetzung der Planungen: 1992 wurde die Berliner Weber-Arbeitsstelle in das Förderprogramm der Union der deutschen Akademien der Wissenschaften aufgenommen, 1996 auch die Detmolder Arbeitsstelle (bis dahin DFG-finanziert). Unter Leitung von Prof. Dr. Gerhard Allroggen soll die Weber-Ausgabe bis zum 200. Todestag des Komponisten 2026 alle musikalischen Werke, die Briefe, Tagebücher und Schriften Webers sowie ausgewählte Dokumente zu Leben und Werk und ein neues Werkverzeichnis vorlegen.

Die Gesamtausgabe ist als „hybride Edition“ angelegt: Während die musikalischen Werke weitgehend in traditionellen gedruckten Gesamtausgaben-Bänden vorgelegt werden (seit 1998 beim Schott-Verlag in Mainz), erfolgt die Edition der Korrespondenz (Briefe von und an Weber), der Tagebücher (geführt von 1810 bis 1826) und der Schriften Webers in digitaler Form auf der Website der Gesamtausgabe, die quasi als „offene Werkstatt“ angelegt ist, indem sie die Texte – mit entsprechender Kennzeichnung – in verschiedenen Arbeitsstadien präsentiert: von der reinen Transkription („in Bearbeitung“) über die Grundkommentierung („Kommentar in Bearbeitung“) bis hin zur abgeschlossenen Form („bearbeitet“), die der üblichen Printversion entspricht. Zusätzliche Datenbanken zu Personen, Werken und Orten sowie übergreifende Themenkommentare dienen als Kommentierungswerkzeuge. Dokumente zum Leben und Schaffen des Komponisten werden nur in Auswahl ediert, darüber hinaus aber in großer Zahl dokumentiert (mit Quellen- bzw. Publikationsnachweisen sowie wenn möglich Faksimile), dasselbe gilt für Drittbriefe mit Weber-Thematik, etwa die umfangreiche Weber-Korrespondenz von Friedrich Wilhelm Jähns. Eine Weber-Bibliographie strebt einen Überblick über das gesamte wissenschaftliche Schrifttum zu Carl Maria von Weber (inklusive Familie) an und wird fortlaufend ergänzt. Zudem werden von Mitarbeitern der Gesamtausgabe auch eine Weber-Diskographie und eine Bibliographie zu Max Maria von Weber, dem Sohn des Komponisten, gepflegt, die auf der Homepage der Weber-Gesellschaft zu finden sind.