In der Sammlung Flugschriften der Reformation liegt der Schwerpunkt auf der Dokumentation der theologischen Auseinandersetzungen der Reformationszeit, ohne die Schriften Luthers. Gegenwärtig sind ca. 1.800 Drucke vorhanden. Die Sammlung ist weitgehend alphabetisch geordnet. Bedingt durch die Kriegsverlagerungen und -verluste wurde dieser Aufbau willkürlich zerrissen. So fehlen jetzt im letzten Alphabetabschnitt so wichtige Schriften wie etwa die Flugschriften Zwinglis.

Im Gegensatz zu späterer Zeit waren die Flugschriften der Reformation sehr sorgfältig ausgestattet. Titeleinfassungen, Bilderholzschnitte und Initialen schmückten die wenigen Blätter. Während es bei den Initialen und Umrahmungen eher auf eine schmückende Wirkung ankam, sollte die bildliche Darstellung durch ihre anschauliche Sprache zugleich den Betrachter zum Kaufen und Lesen anreizen. Sehr häufig ist der Drucker nicht genannt, denn in vielen deutschen Ländern, wie in Sachsen bis zum Tode Herzog Georgs im Jahre 1539, war die Herstellung, Verbreitung, sogar der Besitz reformatorischer Schriften verboten und wurde streng bestraft. Der Buchführer und Buchdrucker Hans Hergot aus Nürnberg wurde zur Abschreckung für den Vertrieb einer solchen Flugschrift am 20. Mai 1527 auf dem Marktplatz zu Leipzig hingerichtet. Oft kann die Herkunft der Drucke daher nur anhand von Typen und Buchschmuck ermittelt werden. Vor allem die Titeleinfassungen sind ein gutes Mittel für ihre Bestimmung.

Die Sammlung wurde im Alten Realkatalog (ARK) erschlossen. Für die sachliche Suche steht die Online-Version der Historischen Systematik mit dem Teilbereich Deutsche Flugschriften der Reformation zur Verfügung.

Diese Sammlung umfasst 1800 Objekte.