Die Sammlung hebräischer Handschriften enthält zahlreiche herausragende und kostbare Einzelstücke. Die heute etwa 500 Bände umfassende Sammlung wurde mit großer Fachkompetenz und Umsicht aufgebaut. Die Entwicklung des Bestandes und ihre Katalogisierung ist vor allem Moritz Steinschneider (1816-1907) zu verdanken, der in den letzten Jahrzehnten des 19. Jahrhunderts nicht nur die Sammlung hebräischer Handschriften aufbaute, sondern sie auch katalogisierte. Er verzeichnete in seinem Katalog 259 Bände.

Zu den ersten Handschriften im Bestand der Kurfürstlichen Bibliothek gehörte die vierbändige so genannte Rösel-Bibel, die als Geschenk einer Frau dieses Namens im Jahre 1692 an die Bibliothek kam.

Erwähnenswert ist u.a. die Sammlung hebräischer Kodizes und arabischer Handschriften in hebräischer Schrift, die in den Jahren 1873 und 1877 von Moses Wilhelm Shapira erworben wurden.

Im Jahre 1880 erwarb die Bibliothek 15 hebräischen Handschriften aus Erfurt darunter eine zweibändige Riesenbibel aus dem Jahre 1343 (Erfurter Bibel), vier Torarollen, eine Tosefta-Handschrift, ein Machsor, zwei Raschi-Handschriften, weitere sehr alte Bibelkodices und eine Sammelhandschrift mit den Fabeln des Äsop. 

Seit einigen Jahren werden diese Erfurter Handschriften intensiv erforscht, vgl. dazu den Überblick aus dem DFG-Forschungsprojekt der FU Berlin. 

Kataloge der hebräischen Handschriften der Staatsbibliothek zu Berlin